Д. Якшаево была зафиксирована в документах еще в конце XVII в. как поселение башкир-вотчинников Байлярской волости. Между тем была известна такого же названия другая деревня, но она принадлежала кыр-еланцам. Названия их антропонимического характера, однако эти личности нам неизвестны.
В Якшаеве Байлярской волости в 1795 г. жили 20 башкир при 8 домах. В 1816 г. их насчитывалось при 14 дворах 80, в 1834 г. при 13 домах 118 человек обоего пола. 100 человек показала X ревизия. Уменьшение численности башкир-вотчинников объясняется переездом части их в д. Исякаево (ныне Бижбулякский район). В 1920 г. здесь жили одни башкиры: 317 человек (в 57 дворах).
В 1843 г. 118 башкир посеяли 56 пудов озимого и 376 пудов ярового хлеба. Ими было посажено 12 пудов картофеля.
Тептяри жили в деревне с 1764 по 1858 год; затем они были причислены в д. Кулбаево (ныне Ермекеевский район). Имеется текст договора о припуске тептярей. «1764 года (12 августа) проживающие в деревне Якшаевой башкирцы Тейминдикай Султанов, мулла Габдрашит Байракиев (оставили у себя) припущенных прежде братьями нашими во оную деревню заводиться домами и исправлять наравне с нами все повинности Уфимского уезда Казанской дороги Байлярской волости Назира Мратова, Габдрашита Мратова, Кодряка Мратова с платежом по 10 коп. с двора в год и единовременно по 3 рубля с двора».
Теперь несколько слов о поселении кыр-еланцев.
В 1795 г. в д. Якшаево проживали 29 башкир (8 дворов) и 17 тептярей из татар (5 домов). В 1816 г. было 27, в 1834 г. - 108, в 1859 г. - 110 башкир, в 1870 г. - 142 башкира и мишаря, в 1920 г. - 571 тептяр и башкир. Как видим, с конца XIX в. этническое происхождение определялось не совсем точно. В деревне жили башкиры и татары.
Антропонимическое название деревни время от времени менялось: в 1870 г. Якшаево имело второе имя - Мусино (в самом деле до 1820 г. здесь жил Муса Такиев, 1742 года рождения). В 1905 г. Мусино-Якшаево названо Мустафино, в 1920 г. - Мустафино (Мусино). А сегодня она известна под первоначальным именем - Якшаево.
В 1843 г. 108 башкир засеяли 56 пудов озимого и 376 пудов ярового хлеба. Картофеля сажали 12 пудов.