Д. Байкибашево была основана мишарями на основании договоров башкир от 1762 и 1788 гг. сроком на 100 лет с условием уплаты оброка владельцам вотчины за припуск.
В 1866-1919 гг. Байкибашево — центр одноименной волости (затем им стала д. Янгильдино). В 1798-1855 гг. все мишарские села этого региона находились в составе 4-го мишарского кантона.
В 1930 г. среди созданных 48 районов был Байкинский, который через 2 года вместе с пятью другими был упразднен. Создан новый Караидельский район. В 1937 г. в результате дальнейшего разукрупнения районов возникло 6 новых, в т. ч. Байкибашевский. В 1956 г. в ходе укрупнения районов 7 из них были упразднены, в т. ч. Байкибашевский, села и сельсовет и которого вошли в Караидельский район. В 1937-1956 гг. Байкибашево — центр одноименного района, затем — центр одноименного сельсовета.
Развитие деревни наглядно прослеживается по данным: 1811 г. — 330, 1816 г. — 372, 1834 г. — 658, 1859 г. — 585, 1870 г. — 1230, 1917 г. — 2233, 1920 г. — 2088.
В 1917 г. кроме мишарей в селе зафиксированы русские (26 чел.), татары (4 чел.), тептяри (3 чел.) и башкир (1 чел.).
Мишари занимались земледелием, животноводством, промыслом. В 1842 г. на 658 человек при 110 дворах сеяли 567 четвертей озимого и 537 четвертей ярового хлеба. Они владели 401 лошадью, 30 коровами, 120 овцами, 70 козами. Имели 52 улья. В 70-х годах в Байкибашево было 12 лавок, по понедельникам проводили базар. Тогда же вместо одной стало две мечети, при которых действовало по одной конфессиональной школе.
Социально-политические условия жизни мишарей, давление на их самосознание и вероисповедание со стороны властей и православной церкви в начале второй половины ХIХ в. вынудили немало мусульман отказаться от своей веры и принимать чужую во имя временных льгот. В 1860-1861 гг. мишари Балтигарей Игитисамов, по крещению Илья Апполонов, Гималет дин Шункаров по святому крещению Алексей Иванов, Сейфнур Абдулгалимов, Абдулгалям Абдулхамитов по крещению Василий Андреев, Ахмадиша Мухаметкаримов, ставший Павлом Николаевичем, Абдулмен Абдулханнанов по крещению Петр Трифонов и Сайфитидин Назиров по крещению Филипп Афанасьев были исключены из своего сословия и причислены к мещанам гг. Троицк и Челябинск