В период Золотой Орды, с XIII в. современная территория Благоварского района вошла в состав тюб волостей Казанской и Ногайской дорог. Деление на дороги сохранилось до конца XVIII в. По росписи башкирских волостей и их тюб, составленных в 1735 г., в числе 12 тюб Минской волости показаны Чуби-Минская и Кыркули-Минская, часть территории которых ныне приходится на Благоварский район. В данном документе определяется, что Минская волость Ногайской дороги занимает бассейн рек: Дема, Уршак, Чермасан; волости Казанской дороги: Каршинская — Кармасан; Дуванейская, Кандинская — Чермасан.
После распада Золотой Орды часть территории современного Благоварского района оказалась под властью Казанского ханства, другая — Ногайской Орды. С вхождением Башкортостана в состав Русского государства эта территория была отнесена к Казанскому уезду, в 1708 г. — к Казанской губернии, с 1728 г. — в ведомство Сената, с 1744 г. — к Оренбургской губернии, с 1781 г. — к Уфимскому и Белебеевскому уездам Уфимской области Уфимского наместничества, с 1796 г. — к Уфимскому и Белебеевскому уездам Оренбургской губернии.
Территория современного Благоварского района в основном входила в состав 7-го (затем 8-й, 9-й) башкирского и 3-го (4-й, 5-й) мишарского кантонов. Позже образовался дополнительно 12-й башкирский кантон. В материалах переписи 1816 г. башкиры деревень Муталыпово (Старый Усман), Удрякбаш, Баштирма, Шамай, Балышлы были включены в 8-й башкирский кантон. Мишари Удряк-баша и Балышлы — в 3-й мишарский; мишари деревень Кучербай, Тюркей, Абзан — в 5-й мишарский кантон, башкиры последних — в 12-й башкирский кантон.
Населенные пункты современного района вошли в состав 6 волостей: Бакаевской (впоследствии Янышевская, Топорнинская), Богадинской (Буздякская), Тюрюшевской (Ахуновская), Новоселовской, Абраевской, Сафаровской (Чишминская), входивших в Белебеевский и Уфимский уезды Уфимской губернии. Отдельные населенные пункты были отнесены к Бугульминскому (Старый Абзан) и Бирскому (Яныш) уездам Уфимской губернии.
В начале XX в. деревни входили в состав 5 волостей. Бакаевская Уфимского уезда включала сельские общества: Дусметовское, Ново-Сынташевское, Сынтагдтамакское, Улы-Аряминское, Янышевское, Шарлыковское (Шарлык и Шарлыкбаш). Богадинская Белебеевского уезда — сельские общества: Ново-Амирово, Новые Каргалы, Санны-Ильчимбетовское, 1-я Покровка, 2-я Покровка, Крымсараева, Троицкое (деревни Новотроицкая и Русские Озерки), Моисеево и Татарские Озерки. Деревни Ново-Михайловка, Кузьминка, Дмитриевка, Шарлыкулево сельские общества не образовали. Новоселовская Уфимского уезда полностью охватывала современные деревни района (сюда были отнесены и Бишкази, Дмитриевка и Леонидовка ныне Чишминского района) и включала сельские общества: Новоселовское (Языково), Хлебодаровское, Горновское, Кармасанское (Каменка), Богородское, Варваровское, Агардинское, Кугульское, Бедринское (Домбровка), Михайловское(Симбугино), Марьевское (Топорнино), Старо-Каранское, Александровское, Голышевское, Самаринское, Тобулдакское, Токмакское (Бабкино). В Сафаровской волости Уфимского уезда — Кашкалаши, Башкирские Термы, Удрякбаш, Сарайли-Муталыпова составляли самостоятельные сельские общества; Балышлинское общество — Балышлы и Шамеева; Муталыпское — Старо и Ново-Муталыпово; Ново-Первушино сельское общество не образовало. Тюрюшевская волостьБелебеевского уезда — сельские общества: Тюрюшевское (Тюрюшева и Шункеева), Ломовское, Тюрюштамакское, Тюркеевское, Кучербаевские 2 общества, Старо-Абзановское, Ново-Абзановское. Впоследствии сюда относились хутора Ахуновский 1-й, Ахуновский 2-й, Ахуновский 3-й, Ахуновский 4-й, деревни Благовещенский, Васильевка, Дмитриевка, Климентовка, Кохановка, Ларионов-ка, Михайловский (Ново-Еланчак, Новомихайловский), Михайловский, Михайло-Архангельский (Стрельниковский), Ново-Константиновка, Ново-Кузьминский, Ново-Сабаевский, Преображенка, Старо-Тамьяновский, Троицкое 1-е, Троицкое 2-е, Троицкое 3-е и другие хутора.
По данным переписи населения и учета хозяйств в 1920 г., Тюрюшевская волость была переименована в Ахуновскую (35 деревень с населением 9 647 душ), Богадинская волость — в Буздякскую (20 деревень с населением 6460 душ). Образованная немцами-переселенцами в начале XX в. Базилевская волость была присоединена к Новоселовской (128 деревень, хуторов, казарм с населением 18 900 душ). Янышевская волость (бывшая Бакаевская) переименована в Топорнинскую (ныне Кушнаренковский район), в состав которой входили 10 деревень современного Благоварского района с населением 4 868 душ.
Были образованы Чишминскаяи Абраевская волости. В первую вошли Акъяланская артель, деревни Башкирские Термы, Кашкалаши и Ямакай, во вторую — Балышлы, Старый Усман, Сарайлы, Удрякбаш (800 дворов с населением 5200 душ).
Территория района в 1919 — 1922 гг. находилась в составе Уфимской губернии, с ликвидацией которой по декрету ВЦИК от 14 июня 1922 г. была включена в состав БАССР. Населенные пункты были отнесены к Ахуновской волости Белебеевского кантона Абраевской, Новоселовской волостям Уфимского кантона. В 1920—1925 гг. на территории современного Благоварского района насчитывалось до 220 населенных пунктов и 20 сельсоветов. В 4 065 дворах проживали 47 018 человек.
В августе 1930 г., с заменой кантонно-волостного деления районным, территория современного Благоварского района вошла в состав Чишминского, Топорнинского и Буздякского районов. Постановлениями Президиумов Всероссийского ЦИК от 31 января 1935 г. и ЦИК БАССР от 3 февраля 1935 г. в числе 14 новых районов был создан Благоварский район с временным административным центром в селе Языково, с последующим перенесением в село Благовар. Однако Благоварский райисполком обратился в БашЦИК с ходатайством об оставлении районного центра в Языково, мотивируя это тем, что: Благовар расположен почти на краю района, ряд сельсоветов находится далее 35 км от него и это будет затруднять райцентру руководство сельсоветами и колхозами; в Благоваре нет помещений под учреждения, школу, больницу, клуб; новое строительство, рытье колодцев (вода находится на глубине 16—18 м) потребуют больших расходов; Языково расположено почти в центре района и притягивает все население района: действуют 3 водяные мельницы, больница на 40 коек, имеются база для оборудования электростанции на реке Кармасан, 6 домов бывшей МТС, где размещены райучреждения; клуб на 200 посадочных мест; недалеко — в 15 км находится зерносовхоз имени БашЦИК.
На основании ходатайств Чишминского и Благоварского райисполкомов решением Президиума ЦИК БАССР от 29 апреля 1935 г. селения Ямакай, Барсуан, Биекусак, Башкирские Термы и Слакбаш Верхне-Терменевского сельсовета Чишминского района вошли в состав Благоварского района и образовали Ямакаевский сельсовет с центром в деревне Ямакай. В состав сельсовета были включены также деревни Троицкий и Поносово из Самаринского сельсовета.
По данным Всесоюзной переписи населения 1939 г., в районе проживали около 48 тыс.человек; в составе 22 сельсоветов насчитывалось 200 сел, поселков и хуторов; территория района составляла 1 586 квадратных км.
Г.Т. Хусаинова, Р.Г. Курбангулов.